La Fundació Privada AFMA col·labora mitjançant convenis amb diferents institucions per potenciar i dur a terme els seus objectius fundacionals.

El Centre d’Iniciatives per a la Reinserció (CIRE), empresa pública adscrita al Departament de Justícia, té com a objectiu facilitar la reinserció sociolaboral dels interns en centres penitenciaris i educatius de Catalunya.

Amb data 25 de març de 2011, AFMA i CIRE van firmar un conveni per a la realització d’accions d’inserció laboral.

Des de 2010 també hi ha un contracte d’homologació que regula els programes formatius i les actuacions de neteja de boscos i altres treballs forestals que realitza AFMA amb interns dels centres penitenciaris de Catalunya. Així mateix, des de gener de 2012 hi ha un contracte d’homologació per la prestació de serveis de suport logístic i humà quant a la realització d’obres i instal·lacions per a la rehabilitació d’espais, manteniments i feines de trasllats i mudances.

La Fundació Banc de Recursos és una entitat sense ànim de lucre que recull excedents materials d’empreses i particulars i els envia a països i col·lectius necessitats del Tercer i Quart Món. A banda de compartir oficines amb AFMA, la col·laboració entre les dues fundacions, a més de compartir espais,  pretén millorar les accions que porten cadascuna d’elles en el seu àmbit.

La Fundació Exit treballa en la reinseció de joves en risc d’exclusió social mitjançant un model formatiu propi basat en el treball especialitzat en xarxa amb altres organitzacions. La Fundació AFMA ha col·laborat, bàsicament, aportant recursos econòmics per programes concrets.

A més la Fundació col·labora amb altres institucions i participa en iniciatives i activitats del Tercer Sector Social català que mitjançant la Taula d’Entitat és la plataforma que agrupa les entitats catalanes no lucratives que vetllen per la inclusió dels col·lectius i les persones que pateixen algun tipus de vulnerabilitat social.

AFMA participa des de l’any 2009 en el desenvolupament del Projecte Enllaç, iniciativa de la Fundació Mambré i altres institucions eclesials. El projecte ENLLAÇ neix amb la voluntat de promoure equipaments i recursos d’allotjament residencial temporal dignes i adequats destinats a les persones excarcerades en situació d’exclusió social que no disposen de suport familiar o xarxa relacional i estan en seguiment per part de les entitats implicades en el projecte.  Amb aquest projecte es vol possibilitar processos d’inclusió social i posar un especial èmfasi en l’acompanyament individualitzat de les persones ateses.